Иван Комаров (dfyz) wrote,
Иван Комаров
dfyz

Rosalind

Добрый коллега показал сайтик Rosalind с задачами по биоинформатике ("биотимус", как его метко окрестил ещё один коллега), и я уже третью неделю угораю по филогениям, вторичной структуре РНК и выравниванию строк с белками (благо, курс Cryptography II на курсере перенесли на середину февраля).

Лично для меня Розалинду идеальной убийцей свободного времени делают три вещи:
1. Почти каждая задача начинается с введения, в котором сообщается, какие реальные биологические процессы с её помощью моделируются. Поэтому даже тривиальные с алгоритмической/математической точки зрения задачки решаются с удовольствием, ибо есть возможность много нового интересного узнать про современную биологию и генетику. Мне это особенно актуально, потому что последнее моё пересечение с этими замечательными областями человеческого знания состоялось где-то так в десятом или одиннадцатом классе.
2. Создатели выстроили лучшую из виденных мной на обучающих сайтах игровую систему, которая затягивает с неимоверной скоростью. Все задачки объединены в одно общее дерево (чтобы начать решать задачу, нужно сначала решить всех её предков), за игровую активность дают левелы (примерно как на Project Euler), ачивки (решил определённое количество задачек из двух разных тем) и беджики (строковые алгоритмы 3 уровня).
3. Ну и наконец, очень приятно видеть задачки на строковые алгоритмы (хотя биоинформатика, конечно, далеко не только про это). Всякие суффиксные массивы/автоматы и Z-функции мне на ACM-контестах в своё время нравились больше всего, но меня всегда удручали притянутые за уши искуственные формулировки и полная неприменимость всех этих декомпозиций Линдона за пределами соревнований. А тут внезапно оказывается, что длинные строки над небольшими алфавитами (ДНК/РНК – 4 символа, белки – 20 символов) вполне себе существуют в реальной жизни, и есть целый вагон задач, которые биологи хотели бы над этими строками решать. Прямо душа радуется.
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic

    Your IP address will be recorded 

  • 8 comments